Rabu, 04 Januari 2012

Microarray Analyses of Shrimp Immune Responses


Jurnal yang saya dapatkan berjudul Microarray Analyses of Shrimp Immune Responses (Analisis Microarray Terhadap Respon Daya Tahan Pada Udang), jurnal tersebut membahas tentang profil ekspresi gen sebagai respon udang untuk beberapa masalah seperti penyakit, antibiotik yang digunakan dan faktor lingkungan, menggunakan analisis microarray. DNA Microarry itu sendiri adalah suatu metode yang digunakan untuk menganalisa ekspresi gen dalam jumlah besar secara simultan.
Wabah penyakit virus merupakan salah satu kendala utama dalam produksi budidaya udang yang berakibat mempengaruhi pembangunan sosial-ekonomi di sektor akuakultur di seluruh dunia. Pada  industri budidaya udang, microarray telah digunakan untuk menyelidiki ekspresi gen dari sindrom bercak putih yang disebabkan oleh White Spot Syndrome Virus (WSSV) dan YHV juga salah satu penyakit yang dapat menyebabkan mortalitas yang serius pada budidaya udang. Selain penyakit, virus bakteri seperti vibriosis juga menjadi perhatian dari udang budidaya industri.
Dengan menggunakan DNA virus microarray database yang diperoleh dari berbagai
perlakuan eksperimen
dari beberapa sifat tertentu WSSV telah ditandai termasuk latency-gen terkait, awal gen, promotor motif putatif dan yang paling diekspresikan gen virus. Analisis microarray telah memberikan wawasan penting ke dalam regulasi mekanisme biodefense
budidaya
akuakultur dalam menanggapi berbagai rangsangan penyakit. Hasil microarray ini, bersama dengan hasil penelitian gen udang lainnya, tidak hanya ditunjukkan pentingnya
imunitas bawaan untuk pertahanan terhadap WSSV, namun
juga fungsi antivirus protein yang dikenal dan tidak dikenal dalam kekebalan bawaan. Sebagai contoh, udang antilipopolysaccharide faktor terkenal antimikroba peptida terhadap bakteri dan jamur, seperti spesies Vibrio dan Fusarium oxysporum.
Microarray telah menjadi alat yang efektif dalam menjelaskan dan memahami mekanisme respon udang terhadap virus dan bakteri infeksi, pengobatan antibiotik, dan bahkan stres lingkungan pada tingkat molekuler. Oleh karena itu jelas bahwa teknik ini akan menjadi alat yang sangat diperlukan dalam penelitian udang di masa depan, jangka pendek dan jangka panjang dan harus mengungkapkan informasi terobosan untuk pembangunan berkelanjutan budidaya udang dan industri udang.

Jurnal di atas dapat dilihat selengkapnya disini

Senin, 02 Januari 2012

Apa sih Bioinformatika Aquaculture ????
Sebelum Memasuki peran Bioinformatika di dalam Bidang Aquaculture, alangkah baiknya kita perlu mengetahui lebih dulu apa sich bioinformatika itu ??????

Seperti yang telah kita ketahui sebelumnya Bioinformatika itu adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.
Bioinformatika di bidang aquaculture
 Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan peroduktivitas budidaya perikanan.
Contoh penerapanya yaitu jurnal tentang  :  ( klik disini )
“ Pendekatan Metagenomik dan Bioinformatika untuk Menganalisis Komunitas Mikroba Laut Indonesia “
Hasil resume jurnal yang telah saya baca yaitu:
Mikroba adalah komponen penting dalam biota bumi, karena berperan sebagai biokatalis dan pentransformasi berbagai siklus biogeokimia biosfer. Metagenomik ialah analisis genom dari mikroba tanpa pengkulturan mikroba. Metagenomik dikembangkan berdasarkan kemajuan terkini bidang biologi molekuler dan bioinformatika.
Adapun metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu :
1.      Perbandingan culture dependent dan independent berbasis rRNA
2.      Pendekatan metagenomik
Dari metode di atas, bioinformatika itu sendiri memiliki peranan yang sangat penting, contohnya pada proses pembacaan sekuen DNA pada metode Perbandingan culture dependent dan independent berbasis rRNA. Pada saat ini banyak pekerjaan bioinformatika berkaitan dengan teknologi database. Penggunaan database ini meliputi baik tempat penyimpanan database “umum” seperti GeneBank atau PBD maupun database “pribadi”, seperti yang digunakan oleh grup riset yang terlibat dalam proyek pemetaan gen atau database yang dimiliki oleh perusahaan-perusahaan bioteknologi. Pencarian database umumnya berdasarkan pada hasil alignment/pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (basic Local Alignment Search Tool) yang merupakan program pencarian kesamaan yang didisain untuk mengeksplorasi semua database sekuen yang diminta, baik itu berupa DNA atau protein.
Dari hasil analisis yang telah didapatkan di atas, maka prospek dan aplikasi pemanfaatan ke depan yaitu :
1.      Hasil analisis pustaka klon 16S rDNA dengan bantuan bioinformatika akan diperoleh informasi yang kemudian dapat dikembangkan suatu teknik biostimulasi mikroba untuk keperluan bioremediasi.
2.      Analisis terhadap pustaka genom yang telah diperoleh dapat digunakan untuk memperoleh biokatalis dan atau senyawa bioaktif bernilai ekonomi tinggi.
3.      Analisis yang berbasis pada aktivitas memiliki potensi yang besar bagi industri dan kesehatan.
4.      Analisis yang berdasarkan pada sekuen terutama digunakan untuk memperoleh klon-klon yng mengandung gen dari RNA ribosomal atau gen-gen penanda lainnya dalam survei tentang hubungan kekerabatan dari miroba di suatu lingkungan.
Metagenomik tidak hanya dimanfaatkan aplikasinya dalam penelitian terapan, tetapi juga dapat digunakan untuk memperoleh pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroba di suatu lingkungan.
Kesimpulan
Pengembangan metode secara molekuler untuk mendeteksi populasi mikroba tanpa kultivasi telah meningkatkan pemahaman tentang srtuktur komunitas mikroba di alam serta adnya dinamika dalam populasi.
Seiring dengan pemahaman tersebut, juga berkembang pendekatan Metagenomik dan didukung bionformatika. Metagenomik merupakan taknologi yang masih relatif baru, serta memiliki potensi aplikasi yang tinggi dalam pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroba, khususnya di laut, aplikasi yang tinggi dalam bidang industri dan kesehatan. Di masa mendatang metagenomik diharapkan dapat lebih berperan dalam menjawab berbagai pertanyaan yang terkait dengan ekologi mikroba dan penemuan aplikasi bioteknologi baru lainnya yang bermanfaat.

Jumat, 16 Desember 2011

PENGGUNAAN METODE ANALISA EKOLOGI DAN PENGINDERAAN JAUH UNTUK PEMBANGUNAN SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS EKOSISTEM PANTAI

http://journal.ui.ac.id/upload/artikel/05-Penggunaan%20Metode%20Analisa_Bangun.PDF

Sejak kapan SIG mulai diperkenalkan ???
Sistem Informasi Geografis/SIG sudah cukup lama dikenal sejak awal tahun 1960 di Kanada dan Amerika Serikat, yang saat itu banyak digunakan untuk keperluan Land Information System. Saat ini SIG sudah banyak digunakan untuk keperluan lain seperti pengembangan wilayah, perpetaan, lingkungan dan sebagainya.
SIG mulai dimanfaatkan di Indonesia pada awal tahun 1980 terutama dalam pembuatan peta, pengelolaan wilayah, analisis lingkungan dan agraria. Teknologi ini pada dasarnya memiliki ciri dapat memasukkan, menyimpan, mengolah dan menyajikan data dalam suatu sistem komputer, dengan data dapat berupa gambar maupun tulisan atau angka.

Ada 2 metode untuk menganalisis data lapangan yang dapat digunakan yakni cara analitik dengan menggunakan metode statistik dan cara grafik dengan menggunakan metode penginderaan jauh [2]. Pemrosesan citra yang dilakukan sebagai berikut [3]:

1. Perbaikan kontras
Perbaikan dilakukan terhadap masing-masing band (XS-1, XS-2, XS-3). Perbaikan kontras dilakukan dengan metode linier dan eksponensial. Perbaikan kontras (contrast stretching) tidak berpengaruh terhadap nilai asli dari citra.
2. Penyusunan komposit Red-Green-Blue
Komposit yang disusun dari band-band (XS-1, XS-2, XS-3) dengan tampilan visual kekontrasan terbaik. Kekontrasan komposit RGB diperbaiki secara keseluruhan dengan mengubah kekontrasan masing-masing band tunggal penyusunnya.
3. Klasifikasi
Klasifikasi dilakukan dengan menggunakan dua band (XS-2 dan XS-3) dengan metode histogram bidimensional.
4. Koreksi geometrik
Koreksi geometrik dilakukan dengan menggunakan metode overlay (tumpang susun) antara hasil citra terklasifikasi dengan peta topografi.

Apa sih fungsi pengindraan jauh dan SIG itu sendiri bagi perikanan ????

Menurut hasil jurnal yang telah di review, mnunjukkan bahwa hasil analisis otomatik dengan metode penginderaan jauh, dapat digunakan untuk menganalisis vegetasi, struktur, sonasi dan ekologi wilayah pantai tersebut, tetapi sebagai contoh akan disajikan hasil sonasi, struktur dan kondisi saat penelitian.
Sonasi dapat terlihat secara visual dari hasil analisis klasifikasi penginderaan jauh. Sonasi pada Gambar 1 memperlihatkan adanya perbedaan antara formasi vegetasi yang di bagian depan, tengah dan belakang.
Metode SIG dapat berguna dalam perencanaan dan pengelolaan wilayah pesisir sehingga dapat dilakukan dengan baikdan terarah serta dapat menghindari eksploitasi yang tidak terkendali.
Penelitian yang lebih mendalam tentang metode SIG yang ditawarkan masih sangat luas dan belum sempurna mengingat setiap kasus yang dihadapi dapat menimbulkan permasalahan baru yang dapat menimbulkan pemikiran dan teknik-teknik tertentu.
Penggabungan disiplin ilmu pengetahuan sangat memungkinkan dan sangat diperlukan dalam pengembangan SIG, mengingat kehandalan dari SIG sangat ditentukan oleh data dan informasi yang diperoleh dari pakar yang benar-benar mengetahui bidang ilmu tersebut. SIG juga memungkinkan untuk mengintegrasikan semua disiplin ilmu dalam suatu sistem yang terkoordinasi.