Apa sih Bioinformatika Aquaculture ????

Sebelum Memasuki peran Bioinformatika di dalam Bidang Aquaculture, alangkah baiknya kita perlu mengetahui lebih dulu apa sich bioinformatika itu ??????

Seperti yang telah kita ketahui sebelumnya Bioinformatika itu adalah (ilmu yang mempelajari) penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis. Bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika, dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan dengannya. Contoh topik utama bidang ini meliputi basis data untuk mengelola informasi biologis, penyejajaran sekuens (sequence alignment), prediksi struktur untuk meramalkan bentuk struktur protein maupun struktur sekunder RNA, analisis filogenetik, dan analisis ekspresi gen.

Bioinformatika di bidang aquaculture

 Kemajuan dalam teknologi berbasis DNA seperti sekuensing genom telah menyebabkan terjadinya ledakan informasi genetic yang dihasilkan oleh para peneliti. Membludaknya jumlah informasi genetic ini mutlak memerlukan ilmu ilmu computer untuk pengelolananya, sehingga lahirlah bidang ilmu baru yang disebut bioinformatika. Dengan software software dan situs bioinformatika diharapkan mampu untuk membantu penelitian yang berkaitan dengan biologi molekuler organisme budidaya sehingga penelitian akan lebih mudah dilakuakn dan hasilnya lebih valid. Penggunaan software bioinformatika dalam penelitian diharapkan mampu meningkatkan peroduktivitas budidaya perikanan.

Contoh penerapanya yaitu jurnal tentang  :  ( klik disini )

“ Pendekatan Metagenomik dan Bioinformatika untuk Menganalisis Komunitas Mikroba Laut Indonesia “

Hasil resume jurnal yang telah saya baca yaitu:

Mikroba adalah komponen penting dalam biota bumi, karena berperan sebagai biokatalis dan pentransformasi berbagai siklus biogeokimia biosfer. Metagenomik ialah analisis genom dari mikroba tanpa pengkulturan mikroba. Metagenomik dikembangkan berdasarkan kemajuan terkini bidang biologi molekuler dan bioinformatika.

Adapun metode yang digunakan pada penelitian ini yaitu :

1.      Perbandingan culture dependent dan independent berbasis rRNA

2.      Pendekatan metagenomik

Dari metode di atas, bioinformatika itu sendiri memiliki peranan yang sangat penting, contohnya pada proses pembacaan sekuen DNA pada metode Perbandingan culture dependent dan independent berbasis rRNA. Pada saat ini banyak pekerjaan bioinformatika berkaitan dengan teknologi database. Penggunaan database ini meliputi baik tempat penyimpanan database “umum” seperti GeneBank atau PBD maupun database “pribadi”, seperti yang digunakan oleh grup riset yang terlibat dalam proyek pemetaan gen atau database yang dimiliki oleh perusahaan-perusahaan bioteknologi. Pencarian database umumnya berdasarkan pada hasil alignment/pensejajaran sekuen, baik sekuen DNA maupun protein. Salah satu perangkat lunak pencari database yang paling berhasil dan bisa dikatakan menjadi standar sekarang adalah BLAST (basic Local Alignment Search Tool) yang merupakan program pencarian kesamaan yang didisain untuk mengeksplorasi semua database sekuen yang diminta, baik itu berupa DNA atau protein.

Dari hasil analisis yang telah didapatkan di atas, maka prospek dan aplikasi pemanfaatan ke depan yaitu :

1.      Hasil analisis pustaka klon 16S rDNA dengan bantuan bioinformatika akan diperoleh informasi yang kemudian dapat dikembangkan suatu teknik biostimulasi mikroba untuk keperluan bioremediasi.

2.      Analisis terhadap pustaka genom yang telah diperoleh dapat digunakan untuk memperoleh biokatalis dan atau senyawa bioaktif bernilai ekonomi tinggi.

3.      Analisis yang berbasis pada aktivitas memiliki potensi yang besar bagi industri dan kesehatan.

4.      Analisis yang berdasarkan pada sekuen terutama digunakan untuk memperoleh klon-klon yng mengandung gen dari RNA ribosomal atau gen-gen penanda lainnya dalam survei tentang hubungan kekerabatan dari miroba di suatu lingkungan.

Metagenomik tidak hanya dimanfaatkan aplikasinya dalam penelitian terapan, tetapi juga dapat digunakan untuk memperoleh pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroba di suatu lingkungan.

Kesimpulan

Pengembangan metode secara molekuler untuk mendeteksi populasi mikroba tanpa kultivasi telah meningkatkan pemahaman tentang srtuktur komunitas mikroba di alam serta adnya dinamika dalam populasi.

Seiring dengan pemahaman tersebut, juga berkembang pendekatan Metagenomik dan didukung bionformatika. Metagenomik merupakan taknologi yang masih relatif baru, serta memiliki potensi aplikasi yang tinggi dalam pemahaman tentang habitat dan peran ekologis dari mikroba, khususnya di laut, aplikasi yang tinggi dalam bidang industri dan kesehatan. Di masa mendatang metagenomik diharapkan dapat lebih berperan dalam menjawab berbagai pertanyaan yang terkait dengan ekologi mikroba dan penemuan aplikasi bioteknologi baru lainnya yang bermanfaat.