PENGGUNAAN METODE ANALISA EKOLOGI DAN PENGINDERAAN JAUH UNTUK PEMBANGUNAN SISTEM INFORMASI GEOGRAFIS EKOSISTEM PANTAI

http://journal.ui.ac.id/upload/artikel/05-Penggunaan%20Metode%20Analisa_Bangun.PDF

Sejak kapan SIG mulai diperkenalkan ???

Sistem Informasi Geografis/SIG sudah cukup lama dikenal sejak awal tahun 1960 di Kanada dan Amerika Serikat, yang saat itu banyak digunakan untuk keperluan Land Information System. Saat ini SIG sudah banyak digunakan untuk keperluan lain seperti pengembangan wilayah, perpetaan, lingkungan dan sebagainya.

SIG mulai dimanfaatkan di Indonesia pada awal tahun 1980 terutama dalam pembuatan peta, pengelolaan wilayah, analisis lingkungan dan agraria. Teknologi ini pada dasarnya memiliki ciri dapat memasukkan, menyimpan, mengolah dan menyajikan data dalam suatu sistem komputer, dengan data dapat berupa gambar maupun tulisan atau angka.

Ada 2 metode untuk menganalisis data lapangan yang dapat digunakan yakni cara analitik dengan menggunakan metode statistik dan cara grafik dengan menggunakan metode penginderaan jauh [2]. Pemrosesan citra yang dilakukan sebagai berikut [3]:

1. Perbaikan kontras

Perbaikan dilakukan terhadap masing-masing band (XS-1, XS-2, XS-3). Perbaikan kontras dilakukan dengan metode linier dan eksponensial. Perbaikan kontras (contrast stretching) tidak berpengaruh terhadap nilai asli dari citra.

2. Penyusunan komposit Red-Green-Blue

Komposit yang disusun dari band-band (XS-1, XS-2, XS-3) dengan tampilan visual kekontrasan terbaik. Kekontrasan komposit RGB diperbaiki secara keseluruhan dengan mengubah kekontrasan masing-masing band tunggal penyusunnya.

3. Klasifikasi

Klasifikasi dilakukan dengan menggunakan dua band (XS-2 dan XS-3) dengan metode histogram bidimensional.

4. Koreksi geometrik

Koreksi geometrik dilakukan dengan menggunakan metode overlay (tumpang susun) antara hasil citra terklasifikasi dengan peta topografi.

Apa sih fungsi pengindraan jauh dan SIG itu sendiri bagi perikanan ????

Menurut hasil jurnal yang telah di review, mnunjukkan bahwa hasil analisis otomatik dengan metode penginderaan jauh, dapat digunakan untuk menganalisis vegetasi, struktur, sonasi dan ekologi wilayah pantai tersebut, tetapi sebagai contoh akan disajikan hasil sonasi, struktur dan kondisi saat penelitian.

Sonasi dapat terlihat secara visual dari hasil analisis klasifikasi penginderaan jauh. Sonasi pada Gambar 1 memperlihatkan adanya perbedaan antara formasi vegetasi yang di bagian depan, tengah dan belakang.

Metode SIG dapat berguna dalam perencanaan dan pengelolaan wilayah pesisir sehingga dapat dilakukan dengan baikdan terarah serta dapat menghindari eksploitasi yang tidak terkendali.

Penelitian yang lebih mendalam tentang metode SIG yang ditawarkan masih sangat luas dan belum sempurna mengingat setiap kasus yang dihadapi dapat menimbulkan permasalahan baru yang dapat menimbulkan pemikiran dan teknik-teknik tertentu.

Penggabungan disiplin ilmu pengetahuan sangat memungkinkan dan sangat diperlukan dalam pengembangan SIG, mengingat kehandalan dari SIG sangat ditentukan oleh data dan informasi yang diperoleh dari pakar yang benar-benar mengetahui bidang ilmu tersebut. SIG juga memungkinkan untuk mengintegrasikan semua disiplin ilmu dalam suatu sistem yang terkoordinasi.

BIOINFORMATIKA

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang lahir dari perkembangan teknologi informasi dibidang molekular. Bermacam database telah dibuat dan banyak perangkat lunak telah diciptakan. Aplikasi TI dalam bidang biologi/life sciences telah melahirkan bidang Bioinformatika yang dapat diterapkan di bidang perikanan misalnya.

Bioteknologi memiliki beberapa jenis atau cabang ilmu yang beberapa diantaranya diasosikan dengan warna, yaitu:·  Bioteknologi biru (blue biotechnology) disebut juga bioteknologi akuatik/perairan yang mengendalikan proses-proses yang terjadi di lingkungan akuatik. Salah satu contoh yang paling tua adalah akuakultura, menumbuhkan ikan bersirip atau kerang-kerangan dalam kondisi terkontrol sebagai sumber makanan, (diperkirakan 30% ikan yang dikonsumsi di seluruh dunia dihasilkan oleh akuakultura). Perkembangan bioteknologi akuatik termasuk rekayasa genetika untuk menghasilkan tiram tahan penyakit dan vaksin untuk melawan virus yang menyerang salmon dan ikan yang lain. Contoh lainnya adalah salmon transgenik yang memiliki hormon pertumbuhan secara berlebihan sehingga menghasilkan tingkat pertumbuhan sangat tinggi dalam waktu singkat. 

Perngembangan ikan transgenik dimana para ilmuwan menggunakan teknik DNA rekombinan untuk memasukkan materi genetik dari satu organisme ke dalam genom ikan atau organisme air lainnya.Berkembanganya kemampuan memodifikasi hewan secara genetic mengakibatkan pesatnya penelitian tentang rekayasa genetic organisme akuatik (genetically modified organism). Hewan air, terutama ikan tumbuh dalam sistem akuakultur, menarik perhatian penelitian yang signifikan karena dua alasan utama. Pertama, ikan bertelur dalam jumlah besar dan telur yang lebih mudah dimanipulasi, sehingga memudahkan bagi para ilmuwan untuk memasukkan DNA baru ke dalam telur ikan. Kedua, budidaya merupakan salah satu sektor yang memproduksi makanan tercepat tumbuh secara global, menunjukkan meningkatnya permintaan produk akuakultur. Sejak tahun 1984, budidaya komersial telah berkembang pada tingkat tahunan hampir 10 persen, dibandingkan dengan tingkat pertumbuhan 3 persen untuk daging ternak dan tingkat 1,6 persen pertumbuhan untuk penangkapan.

Saat ini, ikan telah siap dijadikan hewan hasil rekayasa genetika pertama untuk makanan manusia. Walaupun sampai saat ini, ikan tersebut tidak tersedia secara komersial di Amerika Serikat, setidaknya ada empat belas spesies hasil rekayasa genetika untuk meningkatkan pertumbuhan . Spesies ini termasuk beberapa jenis ikan mas, trout, dan salmon, serta ikan lele, Honorius, nila, dan pike. Akibatnya, instansi pemerintah di Amerika Serikat, Kanada, dan Kuba sekarang meninjau proposal untuk komersialisasi ikan rekayasa genetika. Di Cina, para ilmuwan melakukan studi keamanan pangan meminta persetujuan pemerintah untuk memperkenalkan ikan mas transgenik, salah satunya berisi hormon pertumbuhan salmon. 

Sumber :

http://buntuminnya.blogspot.com/2011/03/rekayasa-genetik-ikan.html

            http://id.wikipedia.org/wiki/Bioteknologi

NCBI

NCBI ( National Centre for Biotechnology Information )

Pengantar

Kita lihat begitu pesat perkembangan bioteknologi di berbagai bidang. Pesatnya perkembangan bioteknologi tersebut sejalan dengan tingkat pertumbuhan dan kebutuhan manusia dimuka bumi. Hal ini dapat dipahami mengingat bioteknologi menjanjikan suatu revolusi pada hampir semua aspek kehidupan manusia, mulai dari bidang pertanian, peternakan dan perikanan hingga kesehatan dan pengobatan. Salah satunya bioteknologi perikanan merupakan bioteknologi yang ditekankan khusus pada bidang perikanan. Penerapan bioteknologi dalam bidang perikanan sangat luas, mulai dari rekayasa media budidaya, ikan, hingga pascapanen hasil perikanan. Pemanfaatan mikroba telah terbukti mampu mempertahankan kualitas media budidaya sehingga aman untuk digunakan sebagai media budidaya ikan. Bioteknologi telah menciptakan ikan berkarakter genetis khas yang dihasilkan melalui rekayasa gen. Melalui rekayasa gen, dapat diciptakan ikan yang tumbuh cepat, warnanya menarik, dagingnya tebal, tahan penyakit dan sebagainya. Pada tahap pascapanen hasil perikanan, bioteknologi mampu mengubah ikan melalui proses transformasi biologi hingga dihasilkan produk yang bermanfaat bagi kelangsungan hidup manusia. Sudah sejak abad 11, manusia sebetulnya menggunakan prinsip dasar ini. Pembuatan pangan seperti peda, kecap ikan, terasi ikan merupakan hasil bioteknologi. Sedangkan NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan server yang memuat data base tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus di update sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa aktif dan taksonomi. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia.

Tujuan

           Tujuan dari pembuatan artikel ini adalah untuk mempermudah pembaca dalam memahami dan mengakses NCBI

Peran database NCBI bisa mendukung penelitian

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan kesehatannya.

Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov. Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.

Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST.

BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :

1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida

2. protein blast (blastp) : membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein

3. blastx : membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide) yang kita miliki dengan database sekuen protein

4. tblastn : membandingkan suatu sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.

5. tblastx : membandingkan suatu translasi 6 frame dari nukleotida.

Mencari referensi penelitian melalui NCBI

Beberapa journal penelitian dapat diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central.  PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang biomedik dan ilmu hayat.

Misal : Beberapa jurnal yang digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data base pubmed.

Kesimpulan

            Penerapan database NCBI sangat bermanfaat untuk mempermudah mengelola data dan mendapatkan referensi untuk mendukung pengamatan atau penelitian yang sedang dilakukan khususnya pada bidang biologi dan informasi - informasi lainnya. Cara penggunaan atau aplikasi NCBI sangat mudah, sehingga dapat dipelajari atau dipahami oleh semua orang. Selain itu banyak panduan yang memberikan cara penggunaan NCBI yang bisa didapatkan dengan mudah.

Daftar Pustaka

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

http://wanenoor.blogspot.com/2011/05/peran-database-ncbi-bisa-mendukung.html

http://eafrianto.wordpress.com/2009/12/01/bioteknologi-perikanan/

http://en.wikipedia.org/wiki/National_Center_for_Biotechnology_Information