NCBI ( National Centre for Biotechnology
Information )
Pengantar
Kita lihat begitu
pesat perkembangan bioteknologi di berbagai bidang. Pesatnya perkembangan
bioteknologi tersebut sejalan dengan tingkat pertumbuhan dan kebutuhan manusia
dimuka bumi. Hal ini dapat dipahami mengingat bioteknologi menjanjikan suatu
revolusi pada hampir semua aspek kehidupan manusia, mulai dari bidang
pertanian, peternakan dan perikanan hingga kesehatan dan pengobatan. Salah
satunya bioteknologi perikanan merupakan bioteknologi yang ditekankan khusus
pada bidang perikanan. Penerapan bioteknologi dalam bidang perikanan sangat luas,
mulai dari rekayasa media budidaya, ikan, hingga pascapanen hasil perikanan.
Pemanfaatan mikroba telah terbukti mampu mempertahankan kualitas media budidaya
sehingga aman untuk digunakan sebagai media budidaya ikan. Bioteknologi telah
menciptakan ikan berkarakter genetis khas yang dihasilkan melalui rekayasa gen.
Melalui rekayasa gen, dapat diciptakan ikan yang tumbuh cepat, warnanya
menarik, dagingnya tebal, tahan penyakit dan sebagainya. Pada tahap pascapanen
hasil perikanan, bioteknologi mampu mengubah ikan melalui proses transformasi
biologi hingga dihasilkan produk yang bermanfaat bagi kelangsungan hidup
manusia. Sudah sejak abad 11, manusia sebetulnya menggunakan prinsip dasar ini.
Pembuatan pangan seperti peda, kecap ikan, terasi ikan merupakan hasil
bioteknologi. Sedangkan NCBI (National Centre
for Biotechnology Information) merupakan server yang memuat data base
tentang informasi kesehatan dan bioteknologi. Data base terus menerus di update
sesuai dengan penemuan-penemuan terkini yang menyangkut DNA, Protein, Senyawa
aktif dan taksonomi. NCBI merupakan salah satu bank data gen, protein dan
literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para
peneliti di dunia.
Tujuan
Tujuan
dari pembuatan artikel ini adalah untuk mempermudah pembaca dalam memahami dan
mengakses NCBI
Peran database NCBI bisa mendukung
penelitian
NCBI
(National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu
institusi yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler.
NCBI membuat database yang dapat diakses oleh publik, merangsang riset biologi
terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome, dan menyebarkan
informasi biomedical yang kesemuanya diharapkan mengarah pada pemahaman yang
lebih baik tentang proses-proses molekuler yang mempengaruhi manusia dan
kesehatannya.
Situs akses NCBI : www.ncbi.nlm.nih.gov.
Beberapa menu yang disediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed,
Pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, Protein dan SNP.
Salah satu tools yang tersedia dalam
situs NCBI ini adalah BLAST.
BLAST (Basic Local Alignment Search
Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari
sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan
sekuen melalui GenBank DNA database dalam waktu singkat.
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu :
1. nucleotide blast (blastn) : membandingkan suatu sekuen nukleotida yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida
2. protein blast (blastp) :
membandingkan suatu sekuen asam amino yang kita miliki dengan database sekuen
protein
3. blastx : membandingkan produk
translasi konsep 6-frame sebuah sekuen nukleotida (translated nucleotide)
yang kita miliki dengan database sekuen protein
4. tblastn : membandingkan suatu
sekuen protein yang kita miliki dengan database sekuen nukleotida yang secara
dinamis ditranslasi pada semua pembacaan 6 frame.
5. tblastx : membandingkan suatu
translasi 6 frame dari nukleotida.
Mencari referensi penelitian melalui NCBI
Beberapa journal penelitian dapat
diakses pada database NCBI melalui Pubmed maupun Pubmed central.
PubMed adalah sebuah layanan dari National Library of Medicine, yang
menyertakan lebih dari 20 juta kutipan untuk artikel-artikel biomedis sejak
tahun 1950-an hingga kini. Kutipan-kutipan itu dari MEDLINE dan tambahan dari
jurnal-jurnal sains kehidupan. PuMed menyertakan link ke banyak situs yang
menyediakan teks lengkap dari artikel tersebut dan sumber-sumber yang
berhubungan. PubMed Central (PMC) adalah tempat arsip digital jurnal
bebas/gratis yang disediakan oleh Institut Kesehatan Nasional AS (National
Institutes of Health-NIH) yang menyediakan literatur ilmiah di bidang
biomedik dan ilmu hayat.
Misal : Beberapa jurnal yang
digunakan untuk referensi dalam penulisan tesis yang ditelusuri melalui data
base pubmed.
Kesimpulan
Penerapan database NCBI sangat bermanfaat untuk mempermudah mengelola data dan
mendapatkan referensi untuk mendukung pengamatan atau penelitian yang sedang
dilakukan khususnya pada bidang biologi dan informasi - informasi lainnya. Cara penggunaan atau aplikasi NCBI sangat mudah, sehingga dapat dipelajari atau dipahami oleh semua orang. Selain itu banyak panduan yang memberikan cara penggunaan NCBI yang bisa didapatkan dengan mudah.
Daftar Pustaka
Tidak ada komentar:
Posting Komentar